Karanlık tepkimelerin gün ışığına yansıması

Bakteri Genetiği

Sun, 11 Nov 2007 15:16:00 +0200

BAKTERİ GENETİĞİ

Canlıların tüm özelliklerinin, kalıtsal olarak nesilden nesile aktarıldığı öteden beri bilinen bir gerçektir. Yaşamın temel maddeleri kabul edilen nükleik asitler (DNA=deoxyribonucleic acid, RNA=ribonucleic acid) üzerinde yapılan incelemeler, kromozom haritalarının çizilerek, özellikle mikroorganizmalar arasındaki ilişkilerin ortaya konmasında, tüm canlıların sayısız özellik ve biyolojik fonksiyonlarının açıklanmasında yardımcı olmuştur. Çalışmalar ökaryotik ve prokaryotik yapıya sahipolan tüm hücrelerde, genlerin replikasyonu ve fonksiyonundan sorumlu olan yapının DNA olduğunu göstermiştir. RNA genomuna sahip genuslarda ise bu görev RNA’dadır. Tüm canlılarda genlerin replikasyonu (eşleştirilmesi) ve çalışma prensipleri aynı temele dayanmakla birlikte, kromozomların biçim ve bölünme sırasında gösterdikleri birtakım değişiklikler (mitoz, mayoz) gibi aralarında bu temeli bozmayan bazı farklar bulunabilir.

Nükleik Asitlerin Yapısı:

1. Deoksiribonükleik Asid (DNA): DNA molekülleri, nükleotid adı verilen yapıtaşlarından meydana gelen iki polinükleotid iplikçiğinin, sarmal biçimde birbirine bağlanması ile oluşan oldukça büyük moleküllerdir. Nükleotidlerin yapısında,

- bir püri.. ( devamı )

Genetik Sözlük

Wed, 14 Feb 2007 17:35:00 +0200

A)

Abiyogenez: Canlıların cansız maddelerden meydana geldiğini savunan görüş.

Açık dolaşım: Kanın damarlardan dokular arasındaki özel boşluklara yayılıp, madde alış-verişi olduktan sonra toplayıcı damarlarla kalbe dönmesine denir.

Adaptasyon: Canlının yaşama ve üreme şansını artıran çevreye uyumunu sağlayan ve kalıtsal olan özellikleri.

Adenin: Adenintimin protein çiftinin bir azotlu bir bileşeni.

Adenozin trifosfat (ATP):Canlıların doğrudan kullandığı hücresel enerji molekülü, biyolojik enerji.

Adrenalin:Böbrek üstü bezinden salgılanan hormon.

GEN AKTARIM TEKNİKLERİ

Wed, 14 Feb 2007 17:31:00 +0200

Gen tedavisinde, etkin bir gen aktarımı en önemli bir koşuldur. Genleri istenilen hücrelere taşıyabilmek için kullanılan yöntemler genel olarak iki kategoride toplanmaktadır: Fiziksel yöntemler ve biyolojik vektörler:

Fiziksel yöntemler, DNA'nın doğrudan doğruya enjeksiyonu, lipozom formülasyonları ve balistik gen enjeksiyonu yöntemlerini içerir. Doğrudan DNA enjeksiyonunda ilgili gen DNA'sını taşıyan plazmit, doğrudan doğruya, örneğin kas içine, enjekte edilir. Yöntem basit olmasına karşın kısıtlı bir uygulama alanı vardır.
Lipozomlar, lipidlerden oluşan moleküllerdir. DNA'yı içlerine alma mekanizmalarına göre iki guruba ayrılırlar: Katyonik lipozomlar ve pH-duyarlı lipozomlar. Birinci gurup lipozomlar artı yüklü olduklarından, eksi yüklü olan DNA ile dayanıklı bir kompleks oluştururlar. İkinci gurup lipozomlarsa negatif yüklü olduklarından DNA ile bir kompleks oluşturmaz, ama içlerinde taşırlar. Parça bombardımanı ya da gen tabancası olarak da adlandırılan balistik DNA enjeksiyonu, ilk olarak bitkilere gen nakli yapmak amacıyla geliştirilmiştir. Bu ilk uygulamalarından sonra, bazı değişiklikler yapılarak memeli hücrelerine gen nakli amacıyla kullanılmaya başlanmıştır. Bu yöntemde, genellikle altın ya da tungstenden oluşan 1-3 mm boyutunda mikroparçacıklar, tedavi edici geni taşıyan plazmit DNA'sı ile kaplanır, sonra da bu parçacıklara hız kazandırılarak, hücre zarını delip, içeri girmeler.. ( devamı )

Hayvansal Dokular-2

Fri, 22 Sep 2006 19:42:00 +0300

Kan Dokusu

1-Mezoderm orijinlidir.

2-Hücre ve hücreler arası maddeden oluşur.

3-Akışkandır. Damar ve kalp sistemi gibi kapalı ortamda bulunur. Vücutta kayıbı görülebilen tek dokudur.

4-Hücreleri eritrositler , leukosit ve trombositlerdir. Kanın % 45 ‘ini oluştururlar.

5-Ara maddeye plazma denir. Kanın % 55 ‘ini oluşturur.

6-Akışkan olan dokuda hareket kalbin etkisiyle sağlanır.

7-Tek hücreli ve mikroskobik organizmalarda bu doku bulunmaz.

8-Hücreleri kısa ömürlüdür. Doku devamlı yenilenir.

Hayvansal Dokular-1

Fri, 22 Sep 2006 19:36:00 +0300

HAYVANSAL   DOKULAR

A-Epitel Dokusu :

1-Hücreler arası madde yok denecek kadar azdır.

2-Kan damarı içermez.

3-Bölünme yeteneğine sahip hücrelerden oluşur.

4-Hücreleri oldukça farklı görevler üstlenmiştir.

5-Beslenme ve solunum bağ dokusu aracılığı ile yapılır.

6-Hücrelerinde yaptıkları işe göre özelleşmeler görülür. (Sil, Microvillus, Salgı vb. )



Kökeni : Epitel dokusunda ektoderm ,endoderm ve mezoderm orijinli olanların bulunması ile diğer dokulardan ayrılır.

1-Ektoderm .. ( devamı )

Başlıca Plasmidler ve Özellikleri

Wed, 07 Nov 2007 11:21:00 +0200

Bakterilerde, karakterleri çok değişik olan doğal plasmidler bulunmaktadır. Taşıdıkları özel genlere dayalı olarak bunları 6 grup altında incelemek mümkündür.

1) F plasmidi (fertilite faktörü, F faktörü, seks faktörü)

2) Rezistenslik plasmidleri (R plasmidleri, R faktörleri)

3) Virulens plasmidleri

4) Bakteriyosin plasmidleri

5) Metabolik plasmidler

6) Büyük plasmidler

                         F plasmid (F Faktörü, Seks Faktörü)

F faktörü (fertilite faktörü) en iyi E. coli K 12 suşlarında incelenmiştir. Bir plasmid olan F faktörü, sirküler, sarmal ve çift iplikçikli otonom bir DNA molekülüdür (MA: 63x106 dalton, 95 kbp uzunlukta ve hücre de 1-3 tane kadar). Konak bakterisinin yaklaşık %2'si kadar uzunlukta olan bu plasmid, yapısında replikasyon orijininden (RO)'dan ayrı olarak kendisinin transferini sağlayabilecek ve pilus formasyonunu kodlayan bilgilere sahiptir (Tra operonda 21 gen). Bu plasmid hangi hücreye aktarılırsa, o bakteride hücre membranında pilus sentezi (pilus formasyonu) meydana gelir. Bu pilus (seks pil.. ( devamı )

Nonkonjugatif Plasmidlerin Transferi

Sat, 19 Aug 2006 14:04:00 +0300

Konjugatif plasmidler kendilerini transfer edebilmek için gerekli informasyonlara sahip olmalarına karşın nonkonjugatif olanların böyle bir yetenekleri bulunmamaktadır. Ancak, konjugatifler, kendilerini transfer ettikleri oranda, nonkonjugatifleri de mobilize ederek transferlerini sağlayabilirler. Örn., nonkonjugatif bir plasmid olan ColK-235 (MA: 5x106), konjugatif olan R144 drd3 plasmidi tarafından ve ColE 1 nonkonjugatif plasmidi de F- veya I-benzeri konjugatif plasmidleri tarafından transferleri sağlanır.

Mobilizasyon bazı durumlarda, ne konjugatif plasmide bağlanarak bununla birlikte (kotransfer) ve ne de bakterinin recA gen ürünü proteinine bağımlıdır. Kendilerinin mobilizasyonunu sağlayan konjugatif plasmidler bu amaç için en az bir proteinin kodlarına sahiptirler.

.. ( devamı )

İnkompatibilite

Sat, 19 Aug 2006 14:03:00 +0300

Bakteriler, genellikle, aynı tür plasmidin bir veya daha fazla kopyasına sahip olabilmektedirler. Büyük plasmidler 1-2 kopyadan fazla olmamalarına karşın, küçük plasmidler hücrede daha fazla (> 20) sayıda bulunabilmektedirler. Bir arada olabilen ve çoğalabilen bu plasmidler birbirleri ile uyum içinde bulunurlar (kompatibilite). Ancak, bazı plasmidler aynı bakteride bulunamazlar, birbirlerinin üremelerini kısıtlarlar veya eliminasyonlarına neden olurlar (inkompatibilite). Örn. E. coli 'ye ait olan F plasmidi ya sitoplasmada serbest olarak veya bakteri kromozomu ile birleşik olarak (Hfr hücre) bulunur. İki tarz birlikte E. coli 'de bulunamaz. Bir bakteriye inkompatibl iki plasmid transfekte edildiğinde, 2-3 generasyon sonra bunlardan biri çıkarılır ve tek tür plasmid haline gelir. Böylece biri elimine edilir. Genellikle, aynı tür plasmidler birbirleri için inkompatibil bir karakter taşırlar.

Ancak, gen klonlanmalarında bazen gen amplifikasyonunu sağlamak amacıyla aynı plasmidin çok sayıda kopyası elde edilebilmekte    (kloramfenikollu bezi yerinde üretilerek) veya küçük plasmidlerin bir bakteride çok sayıda kopyası bulunabilmektedir. Böyle durumlara, bir bakteri de aynı plasmid için birçok replikasyon yerinin olmasının rolü yanı sıra diğer bazı faktörlerinde etkinliği vardır.

İnkompatibilite olgusu, hücrelerde plasmid replikasyonu ve plasmidin bölünen iki hücreye taksimini kontrol eden mekanizma ve ayrıca, plasmidlerin kopya sayısı ile yakından ilişkilidir. Bir bakteride bulunan replikasyon mekanizması bir plasmid tarafından kullanılıyor ve bloke ediliyorsa, aynı mekanizmadan yararlanan ikinci plasmid bu olanağa sahip olamadığı için replike olamaz (kompetatif inhibisyon). Bu durum aynı zam.. ( devamı )

Plasmid Replikasyonu

Sat, 19 Aug 2006 14:02:00 +0300

Plasmidler, hücre içinde, aynen bir bakteri kromozomu gibi replikasyon modeline sahiptirler. Üzerinde en fazla çalışılan ColE 1 plasmidin replikasyonu hakkında kısa ve özlü bilgiler verilecektir.

ColE I plasmidi (4.3x106 dalton), sirküler, süpersarmal, çift iplikçikli bir DNA molekülüdür. E. coli 'de yaklaşık 15 kopyası bulunur ve her bir 30000 molekül ağırlığında 8 proteini kodlayabilir. Replikasyonu için tümden konakçı proteinlerine gereksinimi vardır. Kendisi ayrıca, Colicin E1 proteinin de kodlarına sahiptir. Bu plasmidin bakteri içinde replikasyonu tek yönlüdür (unidireksiyonal).

Replikasyonun başlangıcında, konakçıya ait RNA polimerase enzimi replikasyon orijininden 555 nukleotid çifti (bp) kadar sol tarafa (5' -ucuna doğru) yerleşerek RNA II sentezini başlatır ve replikasyon için primerlerin sentezi gerçekleştirilir. Bu primerler, Okazaki segmentleri için basamak oluştururlar. Replikasyonun başlangıç noktasında plasmid DNA'sında açıklık (aralık) meydana gelerek ve polimerizasyon (yeni iplikçik sentezi) oluşan bu açıklık içinde ve tek yöne (unidireksiyonal) doğru gelişerek parental iplikçiklerin karşısında yeni iplikçikler sentezlenerek devam eder ve tekrar orijin noktasına kadar ilerleyerek son bulur. Replikasyonun mekanizması aynen bakterilerde olduğu gibidir. Yani, parental iplikçiğin 5'-ucu karşısındaki yeni sentezlenen iplikçik kesintilidir (ters yöndedir, 3'¬ 5'), buna karşın parental iplikçiğin 3'-ucunun karşısında sentezlenen yeni iplikçik ise 5' ® 3' yönündedir. Bu yön polimerase enziminin aktivite yönüne uy.. ( devamı )

Plasmid Eliminasyonu (Curing, Plasmid Eksklusyonu)

Sat, 19 Aug 2006 13:53:00 +0300

Bakteriler, türlere göre değişmek üzere bir çok spesifik karakterlere sahiptirler. Bu özelliklerin çoğu kromozomal orijinli (genoma bağlı) olmasına karşın, bazıları da plasmidler tarafından kodlanmaktadırlar. Bu iki durumu birbirinden ayırmak için plasmid eliminasyon testi yapılır.

Başlangıçta, bakteride saptanan bazı özelliklerin, eliminasyon denemesinden sonra kaybolması ve böyle durumun generasyonlar boyunca devam etmesi halinde, kaybolan karakterlerin bakteriden ayrılan plasmidlerle ilişkili olacağı anlaşılır. Eğer, hiç bir değişiklik olmazsa, o zaman bu özel karakterlerin kromozoma bağlı olduğu düşünülebilir. Ancak, bu yargıya varabilmek için,

a) Denemenin iyi düzenlendiğinin, yürütüldüğünün ve sonuçlandırıldığının kesinlik kazandırılmasına,

b) Plasmidin bakteride bulunduğunun kesin belirlenmesine,

c) Kullanılan kimyasalların, deneme veya amaç için uygun olduğuna,

d) Plasmidin bakteriden çıktığının belirlenmesine, gereksinim vardır.

Plasmid eliminasyon testinde, genellikle, kimyasal maddeler (acridin orange, acriflavine, ethidium bromide, mitomycin C,optimalin üstündeki ısı derecelerinde üretme, UV-ışınları, iyonizan ışınlar, vs) fazla kullanılır.

Plasmidlerin bakteriden ayrıldığını anlamak için başlıca iki klasik yöntem kullanılmaktadır. Bunlardan biri, plasmid transfer testi olup ortama geçen serbest plasmidler, başka .. ( devamı )